El Zoológico tiene una superficie de 60.000 m² libres de barreras arquitectónicas.

Este Zoo, completamente privado, cuenta con una trayectoria de 30 años en los que ha ido creciendo, y adquiriendo un importante prestigio conservacionista. Ha sido calificado por ADENA/WWF como uno de los cuatro mejores zoos de España.

El Zoo de Santillana es miembro fundador de la Asociación Ibérica de Zoos y Acuarios (AIZA) desde 1988 y miembro de la Asociación Europea de Zoos y Acuarios (EAZA) desde 1997.

Desde hace años, en el Zoo se desarrollan con éxito 31 programas de cría en cautividad de especies en peligro de extinción como las Panteras de las Nieves, los Leones Asiáticos, el Tití Emperador, el Lobo Ibérico, la Nutria y el Bisonte Europeo, los Tigres y los Orangutanes de Sumatra, entre otros.

1ª etapa (Años 70)

1977

Tras dos años de estar abierto al público sin mucho éxito y en manos de otro propietario, José Ignacio Pardo de Santayana adquiere el zoo para iniciar el más importante de sus sueños. Se amplía la colección de especies de la fauna ibérica y se introducen otras nuevas como el Bisonte europeo, los mapaches, castores y diversas especies de aves tropicales.

1978 - 1980

Se consigue impulsar el desarrollo del Zoológico despertando el interés de un sector amplio de la población. Comienzan las reformas, ampliaciones y mejor aprovechamiento de las antiguas instalaciones. El Zoo de Santillana es entonces uno de los 8 zoos que existían en toda España

2ª etapa (Años 80)

1981 - 1985

El Zoo comienza a crecer en extensión para albergar a felinos, primates y corzos. Se inicia la construcción del ACUATERRARIO.

1986

Se amplía el Zoo con la compra de 9.000 metros cuadrados donde se construyen nuevas instalaciones para Bisontes, Osos pardos, Gamos, Antílopes, etc...y 10 nuevos estanques para aumentar la colección de Anátidas (hoy una de las más importantes de España), albergar una colonia de flamencos de Africa, flamencos de Chile, etc... También se mejoró la Pajarera de Garzas, Martinetes, Cigueñas, ...doblando su altura y multiplicando por cuatro sus superficie.

1989

Se abre al público el primer Insectario Tropical y el Jardín de las Mariposas de España, actualmente el único existente en la Península, un Aviario Tropical dedicado a Aves exóticas. Se dota al Zoo de un quirófano perfectamente equipado.

3ª etapa (Años 90)

1992

Se amplia el Zoo con la compra de 15.000 metros cuadrados de terreno en los que se construye una Granja de Animales Domésticos con fines didácticos. Se construyen nuevos estanques para flamencos, patos, etc. y se reforman las instalaciones de los gamos. Se abre al público un Cafetería con terraza llamada "La Serreta". También se inicia con éxito el "Club de Amigos del Zoo", y comienza a funcionar el Plan de Apadrinamiento de Animales".

1993 - 1995

Se crea un Programa Educativo, con visitas educativas guiadas. El Zoo comienza a participar en un prestigioso Programa Internacional de Cría en Cautividad EEP (Endangered Species Programme), que permite las mejoras genéticas y de conservación de especies protegidas y amenazadas, así como el intercambio internacional de especies en peligro de extinción. También se integra en el programa ARKS-ISIS (un programa informático que permite a los mejores Zoos de el mundo estar en contacto). Se construye la Galería Amazónica, con 8 modernas instalaciones para albergar Titíes y Tamarinos (los primates más pequeños del mundo), y 3 grandes instalaciones para primates de gran tamaño. Algunas de estas especies, en Peligro de Extinción son cedidas por destacados Zoos Europeos al Zoo de Santillana, para su Cría en Cautividad. Así llegan en Diciembre del 94, del Zoo de Bristol, una pareja de Orangutanes de Sumatra (especie en gravísimo peligro de extinción) y a los 9 meses de su llegada nace "María", la primera orangutana de Sumatra de España y una de las pocas de Europa, es el último gran éxito de reproducción conseguido en cautividad en España. En Agosto del 95 se inauguró la segunda planta del acuario, con 8 nuevos terrarios para grandes reptíles. En Julio del 96 se inauguraron dos nuevas instalaciones para primates de tamaño medio.

4ª etapa (Repoblación)

2000 - 2002

Llegan los Leones Asiáticos (Pantera leo persica), una especie protegida y en grave peligro de extinción que es acogida por el Zoo de Santillana dentro de los programas E.E.P. El León Asiático está considerado por el Fondo Mundial para la Conservación de la Naturaleza como uno de los felinos más amenazados de extinción del planeta.

Nace una Pantera de las Nieves (Pantera uncia), sus padres llegaron al Zoo dentro de los programas E.E.P., que dieron sus frutos de aumentar esta rara especie con el nacimiento del pequeño "Selús".

"Animales y Medio Ambiente", el exitoso programa de radio que dirige y presenta José Ignacio Pardo de Santayana en Radio-5 de Radio Nacional de España, emite el número 1.000.

El director del Zoo publica un libro: "El beso del Chimpancé" con la editorial Aguilar. El libro recoge 50 historias sacadas del contacto directo con la vida de los animales del Zoo, distribuídas en 6 capítulos.

El Zoo celebra el 25 Aniversario, un cumpleaños muy especial al que acude toda la prensa, los socios del Club de Amigos, los "padrinos" de los animales y el Sr. Alcalde de Santillana con toda la corporación municipal.

En la celebración del 25 Aniversario el director presenta lsu proyecto más inmediato: El Parque Cuaternario.

5ª etapa (Parque cuaternario)

2003

Recreación de la flora y la fauna del Altamira del Período Cuaternario en la que podrán contemplar muy de cerca, y en el mismo sitio que el hombre de Altamira, la fauna que cazó e inspiró su arte rupestre. Toda la cartelería de esta nueva área esta diseñada asociando las representaciones halladas por los arqueólogos de cada animal en el arte del periodo Paleolítico superior con el correspondiente animal vivo y que los visitantes pueden ver en el Zoo.

6ª Etapa (2004-2007)

2004 - 2007

En julio de 2004 llega "Budi", un macho de Orangután de Sumatra procedente del Zoo de Berlín para emparejarse con María.

El 23 de Junio de 2005 nació Altamiruco, primer bisonte europeo nacido en estas tierras después de más de 3000 años.

El 8 de Agosto de 2005, a las 18 horas, nació "Victoria", primera hembra de Orangután de Sumatra criada a mano en el Zoo de Santillana.

En la madrugada del 2 de Octubre de 2006 nació "Juliana", segunda hembra de Orangután de Sumatra criada a mano en el Zoo de Santillana.

El 5 de febrero de 2007 se constituye la Fundación Zoo de Santillana con el Museo de Altamira, la Fundación Santillana y los Ayuntamientos de Torrelavega y Santillana del Mar como miembros de su patronato.

En junio de 2007 se celebra el 30 Aniversario del Zoo con una erie de actos conmemorativos distribuidos a lo largo de todo el mes.

El 5 de Agosto de 2007 nace Altamira, primera hembra de bisonte europeo nacida en Santillana.

El 30 de octubre de 2007 se emite el programa 2000 del espacio radiofónico de Radio 5 en RNE.